Los microorganismos son imprescindibles en todos los ecosistemas ya que son los encargados de cerrar los ciclos biogeoquímicos al descomponer la materia orgánica. La mayoría de los microorganismos son inofensivos para los humanos y las demás especies son perjudiciales o otras beneficiosas. Entre los beneficiosos se encuentran los que forman la flora bacteriana. Los microorganismos patógenos pueden causar enfermedades tanto a animales como a vegetales. Los animales están protegidos frente a las infecciones. La mayoría de las penetraciones se hacen a través de heridas o de los conductos naturales como digestivos o respiratorios. Algunos son inofensivos en condiciones normales y patógenos cuando disminuyen las defensas de un animal.

Cuando entra un microbio a nuestro organismo, primero se produce un foco de infección cerca del lugar de entrada del microorganismo. Después puede acceder a la circulación sanguínea, a las vías linfáticas y ganglios linfáticos, donde se inicia la defensa inmunológica de tipo celular del hospedador. Si los microorganismos alcanzan los vasos sanguíneos, se extienden por todo el cuerpo, pudiendo concentrarse en tejidos específicos o producir una infección generalizada.